在行星Zi上，一心希望成为象父亲那样成为优秀的zoids机师的少年邦，同欧卡诺伊多（Organoid）奇克和神秘少女菲妮一起踏上找寻zoids eve的旅途，并粉碎了帝国首相普罗因兹企图控制帝国，占领共和国的野心四年后，邦、菲妮都已经长大。为了对抗日益猖獗的使用zoids的恐怖活动，共和国和帝国合作组织了一支由两国精英构成的特殊部队——守护者力量（Guardian Force）。